Au large des côtes égyptiennes, un mégalodon réapparait du fond des mers. Pour contrer cette menace, le gouvernement américain a mis au point un projet top-secret : la création d’un requin mécanique gigantesque doté des mêmes caractéristiques que le mégalodon. Un couple de scientifiques va devoir piloter ce sous-marin ultra sophistiqué pour faire face à ce terrible adversaire.

Fin Shepard, devenu un héros national après avoir sauvé la ville de Los Angeles d’une tornade de requins, se rend à New York avec son ex-femme April. Mais il ne va pas tarder à découvrir que les requins ont également fait le voyage…